Josef Chmelař byl stále členem Národního svazu novinářů. Po okupaci nacistickým Německem v úřadě na ministerstvu zahraničí vládla nejistota. Zůstane-li vláda a ministerstvo, budou sloužit Berlínu. Jak dlouho vydrží, kdy budou zlikvidováni? Přece ti kteří šli s Benešem jsou kompromitováni službou demokracii. Mnozí chtěli předejít osudu a tak odešli za hranice. Vláda ČSR na svém zasedání v noci ze 14. na 15. března 1939 mj. rozhodla i o zrušení zahraniční služby. Likvidace československé diplomacie znamenala zrušení Ministerstva zahraničních věcí v Praze. 16.3.1939 byl vyhlášen Protektorát Čechy a Morava (Böhmen und Mähren). Po okupaci, aby Němci nenastěhovali do rodinného domku na Jinonickou někoho dalšího, jak se tehdy obsazovaly nadměrné byty, se někdy kolem r. 1939, na Jinonické přistěhovali manželé Václav a Anna Robovi. Širší rodina se stále scházela na Jinonické. 1. září 1939 přišla II. světová válka. Pro Františku Chmelařovou to byla honba za živobytím. K sestře do Čáslavi jezdila pro proviant. Ve 4 hodiny ráno, za houkání sirén, šla pěšky na Masarykovo nádraží na vlak do Čáslavi, kde prostřednictvím sestry Mařky soucitní lidé nechávali potraviny pro celou Chmelařovou rodinu. Za velikého strachu ve formě obrazu vezla samý margarin, a štucel plný tuku. Ale dobře to dopadlo. Ruksak na zádech – obraz, štucel, a v noci pěšky z nádraží do Košíř . Františka také chovala králíky, pro které, aby měli něco lepšího, z okolních kopců sháněla pampelišky. Slepice měla každý rok jiný druh. V plotě měly výběh a ráno a na večer je pouštěli. Pro králíky králíkárnu postavil pan Pešl. Vší té práce okolo bylo hodně a tak Františka si říkala že až bude po válce, otevře vrata a všechno to vyžene ven. Po zrušení Ministerstva zahraničních věcí v Praze byla snaha jeho zaměstnance někde uplatnit. Jak byl přesouván Josef Chmelař se dozvídáme z jeho, asi konceptu zápisu co dělal za německé okupace, a z následujících dekretů a výměrů. přepis: "Josef Chmelař, ministerský rada zpravodajské sekce Po likvidaci zahr. ministerstva byl jsem po přechodném krátkém působení v tzv. Havelkově ministerstvu přidělen tisk. odboru předsednictva min. rady(dekret z 31. října 1939), kde jsem vedl tzvané kulturní oddělení. Úkolem jeho bylo provádět "očistu" české literatury knižní a kontrolovat knižní produkci. V prvém směru omezovali jsme se s přidělenými kolegy /Klíma, Brož, a dr. Čapek) na to, že jsme přejímali výnosy Gestapa a kult. oddělení úřadu Reichsprotektora a zařazovali zabavené jimi knihy do seznamu nevhodných knih. Předem jsme ovšem upozornili nakladatele zejmena šli-li o edice nákladnější, kterým knihám hrozí nebezpečí aby mohli jejich náklady ukrýt před ev. záborem policie. Pokud šlo o nové edice pracovali jsme soustavně ve shodě s českými nakladateli, abychom je uvarovali škod. (Kontakt se svazem nakladatelů - Dr. Laichetr, s nakl. V. Petra. Ikem, Družst. práci, nakl. Kvasnička a Hampl, Unie atd. atd.) V říjnu 1940 byl jsme vedení jmenovaného úřadu zbaven výměrem Úřadu reichsprotektora jako untragbar fur die deutcha Behorden. Výměrem z 15. listopadu 1940 byl jsem pak převeden do ministerstva soc. a zdravotní správy a přidělen do úřadu práce v Praze. Poněvadž tento úřad se v měsících prosinci a lednu stěhoval a v těchže i následujících měsících dostával novou tvářnost přílivem německého úřednictva, nezačal jsem tu vlastně pracovat a výměrem z 20. března byl jako 55 ti letý pensionován. Poznamenávám, že jsem v průběhu německé okupace snažil se aspoň skromně pomáhat nár. odboji. Po roce okupace vypracoval jsem elaborát o jednoroční vládě nacismu v českých zemích, jehož zaslání do ciziny bylo zprostředkováno býv. vyslancem drem Fliedrem. Elaborát byl v Londýně pokud vím přeložen a použit v české propagandě. O osudu dalších dvou elaborátů zatím informaci nemám. Jinak jsem drobnými službami spolupůsobil v české akce v kontaktu s kol. Meidrichem " ??? asi nedopsáno Tento zápis (zpověď co dělal za protektorátu) snad posloužil při opětném nástupu na ministerstvo po roce 1945. Dle zápisu Josefa Chmelaře v jeho přehledu co dělal za německé okupace přechodně krátce působil v tzv. havelkově ministerstvu. Co to bylo nevím. Dekretem Předsedy vlády z 31.10.1939 dle Rozhodnutím ministerstva financí z 29.8.1939 byl Josef Chmelař od 1. října 1939 zařazen do zpravodajské služby předsednictva ministerské rady s titulem m i n i s t e r s k ý r a d a. Zde vedl kultůrní oddělení. Kam se Josef Chmelař uchýlil? Kde se skryl? Nastoupil do Kulturního oddělení tiskového odboru. Mělo kancelář v činžovním domě na Starém městě. Byl to podivný úřad, který měl zachraňovat trosky kulturní svébytnosti národa tím, že usměrňoval české edice. Prováděl předběžnou prohlídku rukopisů, které by nakladatelé chtěli vydat, poradil, s čím by bylo lip vyčkat, naznačil, pod jakou maskou bylo by možno skrýt českou věc, jež před Gestapem by mohla obstát. Upozorňoval nakladatele, na kterou knihu chystá se sáhnout německý úřad z Černína… Zachraňoval z české kultury, z literatury, co se dá. Bojovat s kulturní skupinou protektorátního úřadu, jehož úředníci na štěstí českou literaturu mnoho neznají. Ovšemže bylo možno se ctí pracovat, pokud si Němci úřadu blíže nevšimli… Zanedlouho i tento úřad byl zrušen. Byly rozptýleny i poslední zbytky bývalého Zamini, zůstaly jen protektorátní úřady. Ministerstvo zahraničních věcí se 11.1939 octlo v likvidaci. V listopadu 1939 byly odevzdány diplomatické pasy Josefa, Františky, Boženy a Anny Chmelařových, pas Marty pak v říjnu 1940. Zmobilizovaní elektrotechnici celých Čech všem rádiím vyoperovali vlny, které mohly spojovat se světem. Jednoho dne šli ještě dál: nařídili jednoduše odvést rádio do sběrné místnosti. Domnívali se, že takto nás od nadějí a od pravdy zcela odřízli. Josef Chmelař postavil na stůl jiný stroj, jenž dávno čekal v reservě. Ovšemže bylo nutno skrývat jej na pečlivě vybraném a připraveném místě ve sklepě. A bylo možno vynášet ho z úkrytu pouze v několika hodinách, uzavřít všechny vchody a východy, a odnášet zpět sotva byla odposlouchána česká, německá, či ruská relace. Nastávaly úzkostné chvíle, když zastavilo naproti náhle vozidlo právě ve chvíli, kdy ucho bylo na skřínce! Vždyť poslouchání cizího rádia bylo trestáno smrtí. Úzkostné chvíle, když po zabití Heidricha byla prováděna po celé Praze noční i denní prohlídka! Smutnou událost domek na Jinonické zažil když 8.2.1940 v podkroví zemřela 87 letá Anna Chmelařová roz. Hůlková. Od r. 1939 tady žila u syna. Pochována je na hřbitově Malvazinky. 10.1940 byl Josef Chmelař výměrem Úřadu reichsprotektora vedí kulturního oddělení zpravodajské služby předsednictva ministerské rady zbaven jako untragbar fűr die deutcha Behorden.. (pro německé úřady nepřijatelný) Je s podivem že Josef Chmelař, v postatě bez úhony, přečkal dobu protektorátu. "Jste známý jako spolupracovník Benešův. Jsou ještě v paměti články, které jste psal do hradního tisku a celá vaše práce… menšiny. Napsal jste několik knížek… knížkou o Němcích zabýval se pan Frank v poslanecké sněmovně. Divím se, že ještě na volné noze běháte, že stále svobodně v Praze dýcháte... Slyšel jste? I Kroftu už sebrali. Měl byste aspoň ztratit se v některém odlehlém koutě venkova když už jsou zavřeny cesty přes československé bránice. Je zázrak, že nechali vás až do sud v pokoji." Dvakrát si Josefa Chmelaře přece pozvali. Poprvé.. růžový lístek předvolávající do Petschkova paláce… zkoumali činnost česko-slovensko-polské společnosti… jména všech, kdo byli v jejím výboru… majetek společnosti, jehož nikdy nebylo… Krátký protokol a pak… a skončili… Bylo možno vyjít z budovy a… oddechnout... Podruhé… vztahy k lužické společnosti v Československu… v Praze… kteří Lužičané přicházeli do Prahy… ke komu?... Na štěstí, byli funkcionáři… kteří zemřeli… mezi nimi kolega v zahraničním úřadě, jenž vyřizoval s nimi záležitosti finanční… "Já sám., zabýval jsem se lužickou otázkou jenom literárně… studoval jsem menšinovou otázku." A vyšel znovu z Petschkova paláce svobodně… "máte štěstí příteli… možná že historie s panem Frankem pomohla. Znal jste ho… zabýval se v parlamentě vaší brožurou… útočil… Snad nechtěl nyní vypadat jako člověk, jenž se mstí… a vyrovnává účty z republiky v povýšené úloze státního tajemníka Úřadu říšského protektora … snad má ještě smysl pro poctivou čestnou hru… Jestli jste unikl, je to náhoda… " Výměrem ministerstva financí ze dne 8.11.1940 byl Josef Chmelař v dohodě s ministerstvem vnitra, ministerstvem sociální a zdravotní správy a tiskovým odborem předsednictva ministerské rady převeden do odboru ministerstva sociální a zdravotní správy. Výměrem Presidia ministerstva sociální a zdravotní správy z 15. listopadu 1940 určuje Josefu Chmelařovi jako působiště úřad práce v Praze. Zde ani nezačal pracovat, úřad se stěhoval a byl obsazován německými zaměstnanci. František Veselý, šikovný tesař z jihočeských Dobšic u Blatné začal naproti stavět dům. Uměl si poradit s každým řemeslem. Založil si zde povoznickou živnost a vedle toho na pozemku zřídil malé hospodářství. Oženil se s Boženou Chmelařovou a po léta pak u Chmelařových pomáhal se všemi potřebnými pracemi okolo domu. V prádelně postavil nový kotel, s Petrem Robem na dvorku za domem místo dřevěné postavili zděnou kůlnu, pomáhal s opravou tam umístěné zídky, atd. Na Jinonické také určitou dobu u své tety Františky Chmelařové bydlela Dagmar Macháčková, říkalo se jí Jajka. Z Čáslavi se asi vydala do Prahy do práce a tak uvítala bydlení u Chmelařových. Také malý syn Macháčkových, bratr Jajky, Karlík, tady na Jinonické u své tety Františky kolikrát pobýval, traduje se jak pecky z třešní cvrnkané po stropě zde zanechaly stopy a jak z okna v podkroví čůral na hocha od sousedů. Od 31. března 1941 byl Josef Chmelař zařazen v odboru ministerstva sociální a zdravotní správy jako vládní rada. V přehledu Josefa Chmelaře co dělal za německé okupace (viz výše) píše, že na úřadu práce při ministerstvu sociální a zdravotní správy kam byl přidělen vlastně ani nezačal pracovat z důvodu že úřad dostával novou tvářnost přílivem německého úřadnictva. Dále píše, že, zřejmě asi výměrem Presidia ministerstva sociální a zdravotní správy, který jsem nenašel, ze dne 20.3.1941 byl jako 55 ti letý pensionován ode dne 1.4.1941. Na tento výměr zřejmě navazuje výpočet důchodu z 22.5.1941 z Presidium ministerstva sociální a zdravotní správy. Aby unikl, psal knížku o bláhovém mládí. Pod pseudonymem Josef Horal 1941 vyšla knížka Bláhové mládí v Družstevní práci. O jednoroční vládě nacismu v českých zemích Josef Chmelař píše elaborát, který posloužil odboji v Londýně. Osudy dalších obdobných dvou elaborátů nejsou známy. Josef Chmelař shromažďoval zprávy o řádění, nacistů, o běsnění Gestapa, o všem tom, čím páni z Černína pokoušeli se zlomit, zkrušit a předělat českého člověka, čím zbavovali ho svobody dechu, a života. Sestavoval raporty o vládě Neurátů a Franků v českých zemích a našel si cesty, jak dopravit je z protektorátu do volného světa, do rukou vlády v Londýně. Josef Chmelař objednal ze Spojených UP závodech v Brně vybavení nábytkem asi do podkroví. To už tam obývali Robovi. Za Heydrichiády Chmelařovi vyhledal Pixa, prý je v ilegalitě. Přespal na Jinonické že druhy den se sejde se spojkou. Jeho žena byla v Terezíně. O něm jsem se dozvěděla až po válce; byl schován v blázinci – jeho ženu zabili v Terezíně. 1942 V době Heydrichiády 30.dubna 1942 přibyl na Jinonickou nový obyvatel. Manželům Robovým se narodil syn Petr. Františka Chmelařová z dob kdy Chmelařovi bydleli v Obecních domech pod Kavalírkou se znala s tam bydlícími Pešlovi a tak došlo k seznámení jejich syna Oldy s Jajkou Macháčkovou, tehdy bydlící na Jinonické u Chmelařových. Olda za Jajkou sem na Jinonickou chodil. Když byl večer vyprovozen domů, vrátil se a vlezl pak za Jajkou oknem. Byla z toho také svatba. Protože Jajka měla rodiče v Čáslavi svatba byla vypravena z Jinonické. 20.4.1944 svatba Dagmar Macháčkové a Oldřicha Pešla. I ve válečných letech byl Josef Chmelař členem českých spisovatelů a hudebních skladatelů. Po celou dobu okupace Josef Chmelař psal svoji knihu Mlčení. Šest dlouhých let. Stránky, které se jimi plnily, skrýval před zvědavci, byly překládány a ukrývány na nejrůznějších místech. Proto mohl mít krátce po osvobození 1945 připraven román Mlčení, vůbec první český román o životě v protektorátu. Je trochu zarážející, že jako celkem známý politický člověk, který nebyl Němcům nakloněn, vždyť byl dvakrát v Pečkově paláci na výslechu, si dovolil za stanného práva takovou látku doma zpracovávat. Román vydal v Družstevní práci hned v roce 1945 a byl zájem ho zfilmovat. Žel Josef Chmelař nebyl ochoten přistoupit k určitým úpravám (možná zkreslujícím úlohu komunistů) tak film nebyl realizován.